O afastamento pela Reitoria logo no início do ano letivo da Diretora do Campus de Guarulhos, Professora Cynthia Andersen Sarti, gerou perplexidade em parte da comunidade universitária, que alega que tal ato foi feito sem debate prévio. Em assembléia, os docentes de Guarulhos aprovaram uma carta pedindo a reabertura do diálogo e a recondução da ex-diretora ao cargo.
Já o Conselho de Representantes da Adunifesp, em reunião ordinária, deliberou solicitar em nota à Reitoria a manutenção do diálogo, para que a situação seja resolvida em conjunto com a comunidade e da forma mais democrática possível. A nota também debate o tema da democracia interna na universidade: “nossa expectativa é que a Reforma do Estatuto da Unifesp resolva distorções como a que dá prerrogativa ao cargo de Reitor, até o momento, poder indicar os diretores dos campi”.
Em audiência com o Reitor Walter Albertoni, a diretoria da Adunifesp expôs a questão, mas escutou que a Reitoria vai mesmo utilizar da prerrogativa de indicar um novo diretor. Entretanto, houve o compromisso de convocar eleições no campus até o final de 2009, depois de concluída a Reforma do Estatuto da Unifesp.