Dois Centros Acadêmicos da Unifesp sofreram ataques inaceitáveis no final de 2009. As entidades dos estudantes de Medicina e Biomedicina foram vandalizadas durante a madrugada do dia 29 de novembro em um episódio ainda não esclarecido. Suas sedes foram invadidas, pichadas, e até fezes foram encontradas no auditório do CA de Medicina. Além disso, alguns poucos objetos também foram roubados.

O Conselho de Entidades repudiou os ataques e exigiu providências da administração da Unifesp. “Esperamos que tamanha violência não fique impune e que a Reitoria e os órgãos responsáveis tomem as providências necessárias para que tais atos injustificáveis não voltem a acontecer em nossa universidade”, cobrou a carta assinada pela Adunifesp e as demais entidades representativas das categorias no final de 2009. Lamentavelmente, na madrugada da quinta-feira, 04 de março, o Diretório Central dos Estudantes também foi vítima de invasão e vandalismo. Fato gravíssimo, já que demonstra claramente que, três meses depois dos primeiros ataques, as medidas necessárias ainda não foram tomadas.